在发酵过程中，操作方式分为连续发酵、分批发酵和补料分批发酵三种。三种方式各有优势。
 
一、什么是连续发酵、分批发酵和补料分批发酵
连续发酵：指以一定速度将新的培养液加入发酵罐内，同时也会以同等速度流出罐内原有发酵液，以此来维持恒发酵液体积不变。
分批发酵：在发酵中，加入酸碱液来调节罐液pH值或向罐内通入气体，不与外界进行物料交换。
补料分批发酵：发酵过程中间接性向罐内补充物料，但与分批发酵不同的是，这种方式不会放出罐内原有液体，所以发酵液体积会不断增加。
 
二、发酵罐连续发酵、分批发酵和补料分批发酵的优缺点
(1) 连续发酵
优点：灭菌次数少，保护设备使用寿命和提高产量，无发酵适应期，且发酵中的各参数值较为稳定，便于自动控制。
缺点：对补料设备精准性要求高，营养物质的利用率低于分批发酵，发酵周期长，染菌可能性增加
 
(2) 分批发酵
优点：发酵操作简单，能充分利用罐内营养物质，产物浓度高，对于染菌情况能很快解决。
缺点：生产周期短，生产效率低，且对于各人力物力消耗太大。
 
(3) 补料分批发酵
优点：可以控制解决菌种变异和染菌问题；对培养中底物抑制、产物反馈抑制以及葡萄糖的分解阻遏效应有解除作用；可以避免一次性补糖过多导致细胞大量生长，耗氧过多，通风设备不匹配；某种程度上降低微生物细胞生长量，提高目标产物的转化率
缺点：操作复杂，对于补料中无菌要求高，否则极易染菌；补料受罐体容积限制。